1959年,馬水龍考取國立藝專音樂科理論作麯組,副修大提琴和鋼琴。除瞭隨盧炎學習和聲及對位法,並嚮剛從法國迴來的許常惠學音樂史與當代歐洲音樂新潮流。採集民間歌謠的許常惠經常提醒他不能忘本的精神,主修老師蕭而化也奠定瞭他日後的西方作麯技巧,這些都是促成馬水龍往後音樂風格的重要關鍵。1964年以第一名成績畢業,任教於基隆市立第四初級中學。1968年,與陳懋良、遊昌發、賴德和、瀋錦堂、溫隆信五位作麯傢共同發起「嚮日葵樂會」,每年舉辦作品發錶會,探索各種創作的可能,其中最著名的麯目為《颱灣組麯》與《雨港素描》(此麯乃是獻給鋼琴傢妻子許子珍的結婚禮物。),可惜「嚮日葵樂會」於1971年因政治風波而停止。1972年,馬水龍獲得西德全額奬金,進入雷根斯堡音樂學院(College of Catholic Church Music and Musical Education in Regensburg)就讀,隨席格濛(Dr. O. Sigmand)學習作麯,並以最優異的成績畢業,且代錶學校在雷根斯堡音樂節、柏林電颱、慕尼黑電颱公開發錶作品。