1991年进入福武书店(现已改制为Benesse Corporation,倍乐生集团),兼任国吉康雄美术馆主任研究员;之后因策画「直岛倍乐生艺术之地」(Benesse Art Site直岛)声名大噪,成为知名艺术专案负责人(Art Projector)。
2001年,秋元雄史除了孕生出直岛的象征作品:草间弥生《南瓜》「Out of Bounds」展外,更居中斡旋、企画了旧民宅作品化的「家 Proiect」。2002年,他开始构思「地中美术馆」(Chichu Art Museum)并参予指导,其灵感来源为莫内的名作《睡莲》。自2004年开馆起,他出任地中美术馆长兼公益财团法人「直岛福武美术馆」财团常务理事,同时担任直岛倍乐生艺术之地的艺术总监。过去,直岛倍乐生一年内的游客不到三万名,却在2005年突破了12万人次,达到首次的单年度盈余。