1947年生于台湾花莲,小学四年级举家迁居台北。先后毕业于建国中学、新竹清华大学。1976年获美国奥克拉荷马大学化学博士学位。吴国祯教授在70年代留美期间,积极参加海外台湾留学生的「保卫钓鱼台运动」和「中国统一运动」,并在1975年3月辗转经欧洲赴北京访问,被台湾当局列为黑名单。1977年赴北京定居,历任中国科学院化学所副研究员、研究员、博士生导师、中国光散射委员会副主任委员等职务。1995年转任北京清华大学物理系教授。吴国祯教授从事分子谱学和混沌领域的研究工作多年,发表论文一百三十余篇,着有《分子振动光谱学概论:原理与研究》、《分子高激发振动──非线性和混沌的理论》、Nonlinearity and Chaos in Molecular Vibrations(Elsevier出版)、《拉曼谱学:峰强中的信息》(英文版由World Scientific 出版)以及《在历史面前》等专着。研究成果「表面增强拉曼光谱学」在1994年获中国科学院自然科学二等奖。近年协助北京清华大学保存70年代海外台湾留学生运动的资料和文献。业余,也从事文史领域的写作,并在《两岸犇报》开辟「荷清苑书简──与台湾青年朋友的通信」专栏的写作。