武士阶层掌握中央及地方实权的幕府时代长达近七百年。
一一九二年,源赖朝从朝廷取得征夷大将军称号,武士贵族专权自此始。日本正式进入了武士阶层掌握政权的幕府政治时期。在这个时期内,以天皇为首的贵族政权的朝廷仍旧在京都存在着,以将军为首的武士政权——幕府与朝廷同时并存,将军名义上由天皇任命,实际上却是掌握实权的最高统治者。
江户幕府:战国时代的终结
一六○三年,德川家康被任命为征夷大将军,在江户开设幕府,至第三代将军德川家光时,幕府机构大体完备。幕府领地约佔全国土地四分之一,其余由大名领有,称藩国。将军是全国最高统治者,控制朝廷、大名与外交;幕府在直辖领地设郡代或代官,通过测地、村年贡承包制、五人组制等,直接控制农民。
大名是各藩国的统治者,拥有领地的行政、司法和年贡征收权等。幕府设巡见使及被称为目付的监察官监督各藩国,并採取大名参觐交代和大名改易等办法控制大名,但各藩国仍具有相对独立性。因此形成在德川将军控制下的各藩国分割统治的政治体制。
十七世纪末,由于商品经济发展,幕藩体制出现危机,农民起义频繁。一八五四年日本开国后,民族危机又加剧了封建制危机。萨摩、长州等西南强藩,在改革派下级武士推动下,逐渐採取与幕府不同的政策,殖民兴业,抵抗外敌。一八六七年在倒幕运动压力下,第十五代将军德川庆喜被迫宣布「奉还大政」。一八六七年十二月倒幕派发动「王政复古」政变,宣布废除幕府制度。新成立的明治天皇政府发动戊辰战争,彻底打倒幕府势力。至此,日本的幕府政治结束。